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財政部 2018-08-06
修正「海關管理保稅工廠辦法」部分條文
發文日期：中華民國107年8月6日
發文字號：台財關字第1071017307號
發文字號：台財關字第1071017307號
修正「海關管理保稅工廠辦法」部分條文。
海關管理保稅工廠辦法部分條文修正條文
第六條 申請登記為保稅工廠者，應檢具下列文件，向工廠所在地海關辦理：
一、 申請書：應載明公司名稱、統一編號、工廠登記編號、公司地址 、 資本額、負責人姓名、身分證統一編號、電話號碼及工廠地址。
二、特許營業證及其影本各一份；非特許事業者，免送特許營業證。
三、公司章程及董監事名冊一份。
四、產品清表一份。
五、 工廠、倉庫、笨重原料等儲存處所及生產機器配置平面圖各一份。
六、保稅工廠印鑑登記卡。
七、 產品生產程序說明書及其各步驟使用原料名稱、數量暨工廠原物料管理制度有關資料各一份。
八、最近三年（成立一年以上未滿三年者，以其存續期為準）經稅捐稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書或經會計師簽證之營利事業所得稅結算申報書之影本一份。成立未滿一年者，應檢送經會計師簽證之財務報表一份。
九、保稅工廠之廠房使用執照、建物所有權狀與土地所有權狀及其影本各一份；如係租賃者，應另檢附租賃契約與其影本各一份及廠房所有權人承諾書，載明同意該保稅工廠經廢止其登記時，其保稅物品可無條件繼續存放在廠房倉庫至少六個月 ，以供監管海關處理保稅物品。
新設工廠申請登記為保稅工廠，應檢送主管機關准許設廠文件，向海關申請辦理勘查，如有先行進口自用機器、設備之需要者，得向海關申請臨時監管編號，並繳納進口稅款保證金，辦理通關手續，俟取得工廠登記編號並經監管海關審查符合者，始准予洽期接管。
經主管機關核准登記之工廠申請登記為保稅工廠，如有先行進口自用機器、設備之需要者，得向海關申請臨時監管編號，並繳納進口稅款保證金，辦理通關手續，經監管海關審查符合者，始准予洽期接管。
申請廠商設有二個以上之工廠者，得分別就其中一個或二個以上之工廠申請設立保稅工廠。但各工廠間有相互提撥原料、半成品、成品之關係或產製外銷成品具有連貫性之製造程序者，不得僅就其中部分程序工廠申請登記為保稅工廠。
第十條 保稅工廠應於海關接管或製造新產品之翌日起一個月內且產品未出口前，造具產品單位用料清表一式二份，列明產品之代號 、名稱、規格、數量及所需各種原料之料號、名稱、規格或型號、應用數量（實用數量加損耗數量）或實用數量、單位等項，連同製造程序說明書送監管海關備查，必要時予以查核。未送監管海關備查，而產品已先行出口者，不予除帳。但出口者如為樣品或特殊原因已於出口前檢附相關證件，向監管海關申請報備，得於出口之翌日起一個月內送監管海關備查，逾期不予除帳。
保稅工廠產品核銷保稅原料，按產品單位用料清表審定之應用數量或實用數量除帳，其以應用數量除帳者，生產過程中所產生之下腳、廢料不得另為報廢除帳。
海關應於收到第一項規定之產品單位用料清表備查後將其中一份發還保稅工廠作為核銷保稅原料之依據。
保稅工廠原送之產品單位用料清表如有變動，應於變動後另造新表，列明原向海關備查或核准文號送監管海關備查，其造送及審定期限比照第一項規定辦理。
保稅工廠所使用之原料，其價格、性質及功能相近而可相互替代流用者，應於產品單位用料清表列明，送監管海關備查。
前項原料如為經濟部國際貿易局專案核准輸入之大陸地區物品或經財政部公告應課徵平衡稅或反傾銷稅之物品，應編列不同料號，且不得替代流用。
產品單位用料清表之適用期限，自送監管海關備查或核准之翌日起三年，期限屆滿前應由保稅工廠重新造送監管海關備查。
第一項之產品單位用料清表及第四項之變更產品單位用料清表，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。但保稅工廠所使用之原料，經財政部公告應課徵平衡稅或反傾銷稅者，其產品單位用料清表之電子資料應傳輸關港貿單一窗口供海關審核。
第十一條 保稅工廠應以廠為單位，分別設立原料帳冊、成品帳冊及自用機器、設備帳冊，詳細記錄進出數量、結存數量等動態資料 。如海關認為必要者，並應設立半成品及在製品之動態紀錄，以供監管海關隨時查核。
前項之帳冊、保稅工廠廠外加工紀錄卡及出廠放行單，以電腦處理者，應將有關資料依第十八條規定之期限輸入建檔，以備海關隨時查核，並按月印製替代原料帳冊、成品帳冊及自用機器、設備帳冊、廠外加工紀錄卡及出廠放行單使用明細之表報，次月二十日前印妥備查。
前項之帳冊及使用明細之表報，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。
保稅工廠廠外加工紀錄卡及出廠放行單，以人工登帳方式處理者，使用前均應報請海關驗印。
保稅工廠進口或國內採購供加工外銷用之非保稅原料，如係可與其他保稅原料相互替代流用者，應一併登列於原料帳，納入管理範圍。
前條第六項之原料及其產製品，應分別設置獨立原料及成品帳冊，以備監管海關查核。
第六條第四項但書之各保稅工廠間，得經轄區監管海關核准實施提撥作業，並應以廠為單位，依提撥物品性質分別設立原料、半成品、成品提撥帳冊及提撥總帳，詳細記錄提撥物品之撥出、撥入及提撥結存數量，以備海關查核，年度結算時各保稅工廠應合併辦理結算。但依第十二條規定於原料、成品帳已增設提撥專屬欄位供登載者，得免設立原料、成品提撥帳冊。
前項提撥帳冊準用第二項及第三項規定。
第十九條 保稅工廠因廠內倉庫不敷存儲，必須租用廠外倉庫時，應符合下列各款條件，並報請監管海關核准後，方可使用：
一、須為堅固之建築，且具有防盜、防火、防水、通風照明及其他確保存貨安全之設施。
二、取具主管機關核發之倉庫或廠房使用執照、建物所有權狀與土地所有權狀及其影本各一份；如係租賃者，應另檢附租賃契約及其影本各一份與建築物所有權人承諾書，載明同意該保稅工廠經廢止其登記時，其保稅物品可無條件繼續存放在廠外倉庫至少六個月，以供監管海關處理保稅物品。
第二十六條 保稅工廠經廢止登記後，其保稅物品依下列規定辦理：
一、所有保稅物品，應由海關封存或與保稅工廠聯鎖於該工廠之倉庫內，海關應不定期派員巡查，必要時得予保管。
二、經廢止其登記之保稅工廠應向監管海關洽訂或由監管海關逕予訂定盤存日期，依照第二十條有關規定辦理盤存（簡稱結束盤存），如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依第二十一條第一項規定辦理。
三、經盤存之保稅物品，除依第四款規定辦理者外，監管海關應即按結存數量發單課徵各項稅捐（成品及半成品概按其所使用保稅原料之形態核課稅捐）。
四、在海關未發單徵稅前，如因生產或外銷之需要或售與科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠者，保稅工廠得提供相當稅款金額之擔保，報經監管海關核准後提領使用保稅物品。但應於核准之翌日起一年內檢附出口證明文件向監管海關辦理銷案，屆期未銷案者，由海關就擔保償還應納稅捐。
未能依前項規定辦理結束盤存者，海關得逕依帳面結存數量課徵各項稅捐。
第三十三條 保稅工廠之保稅物品售與或輸往科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠，應於出廠時由雙方聯名繕具報單檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
前項貨品發生退貨或運回時，應由雙方聯名繕具報單，檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
前二項交易除自用機器、設備外，準用第三十一條第一項第二款規定。
第四十六條 保稅工廠進口保稅之原料或加工品，得申請監管海關核准後運出廠外加工，並以加工至半成品且該加工品以仍能辨別其所加工之原料者為限。但保稅工廠所生產之保稅產品已超過工廠產能，且其事先已具結負責以自己名義將運出廠外加工之保稅產品逕行出口或售與其他保稅工廠、科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業或自由港區事業再加工出口者，得申請監管海關專案核准其運出廠外加工至成品。
前項廠外加工，應由保稅工廠先繕具出廠加工申請書，載明加工廠商名稱、地址、公司統一編號及工廠登記編號（其為自然人者，姓名、地址及身分證統一編號）、使用原料及加工品名稱、數量以及加工期限等，並檢附廠外加工品用料清表及合約向監管海關申請核准後，填具已經海關驗印之廠外加工紀錄卡一次辦理出廠，或在所核准之種類、數量及加工期限範圍內，逐批填具廠外加工紀錄卡，分批出廠。
保稅工廠自國外進口或自其他保稅工廠、科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業購買之保稅原料，得申請監管海關核准，直接運至加工場所，進行廠外加工，其加工並以加工至半成品且須運回保稅工廠為限。
廠外加工由加工廠所添加之原料，不得申請退稅。但加工廠為保稅工廠者，得申請除帳。
運出廠外加工保稅之原料或加工品，如發生損耗致與運出數量不符時，應由海關查明原因，依照本辦法及其他有關法令規定處理。其加工過程較為複雜者，保稅工廠或加工廠商應事先提供資料，以供查核。
廠外加工之期限，以經監管海關核准廠外加工之翌日起六個月為限。但有特殊情形者，得於期限屆滿前，申請海關核准延長，其延長期限不得超過三個月，並以一次為限。不依規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
第四十七條 保稅工廠保稅物品出廠測試、檢驗、核樣或修理，應填具申請書經監管海關核准後提領出廠。
前項保稅物品出廠，監管海關得視物品數量及性質核定作業期間，其需展期者，應於屆滿前，以書面說明原因，向海關申請。但出廠期間合計不得超過六個月。
第一項保稅物品進出廠時，應登載於經海關驗印之保稅工廠送外測試、檢驗、核樣或修理保稅物品進出廠登記簿。不依第二項規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
保稅工廠進口或自科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠購買之保稅原料，得經監管海關核准直接運至檢驗測試廠所從事廠外檢測。
保稅工廠得申請監管海關核准事先具結負責以自己名義將運出廠外檢測之保稅產品逕行出口或售與科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠。
第五十一條之一 保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者 ，得停止六個月以下之按月彙報，並得停止其一個月以下原料保稅進口：
一、保稅工廠之保稅物品售與或輸往科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠按月彙報案件，未依第三十三條第三項準用第三十一條第一項第二款規定期限繕具報單並檢附相關文件辦理通關手續者。
二、保稅工廠之保稅物品進儲物流中心、自用保稅倉庫按月彙報案件，未依第三十三條之一第二項規定期限繕具報單並檢附相關文件辦理通關手續者。
第五十二條 保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定，得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其一個月以下原料保稅進口：
一、未依第四條第一項第三款規定，於廠區設有警衛室，並派員駐守，或物品出廠時未依第十七條第三項規定填具出廠放行單編列序號，或雖經編號，但無故缺號或遺失 。
二、廠房設施違反第五條規定，或未依第十四條規定對原料及成品倉庫派員負責看管，或停工時未加鎖或連續停工十日以上未向海關申報。
三、未依第七條第二項或第三項規定辦理換照、印鑑變更登記 。
四、未依第十條規定期限將產品單位用料清表送監管海關備查，或違反第三十四條或第四十二條規定擅自放行出廠或出口。
五、未依第十條第六項規定編列不同料號或違反該項規定替代流用。
六、保稅原料及成品未依第十四條至第十六條規定入出庫，或未分類別，按序存放或未編號置卡。
七、保稅物品進出廠（倉），未依規定填載有關單證、紀錄卡 、登記簿，或未於第十八條規定期限內登載有關帳冊。
八、對於應編製之報表資料等，未依第二十條第四項期限編製報送，或對於監管海關因監管或稽核所需之各種表報資料或通知應辦理或改進之事項，未依限辦理。
九、違反第二十二條規定，保稅工廠保稅業務人員人數不足或資格不符。
十、違反第二十三條規定未經監管海關核准辦理受託加工業務。
十一、違反第二十四條規定未經監管海關核准辦理檢驗、測試 、修理、維護業務。
十二、違反第二十七條之一規定未經監管海關核准辦理生產非保稅產品業務。
十三、違反第四十條規定未經監管海關核准辦理進口原料內銷。
十四、違反第四十六條至第四十八條及第五十條規定未經監管海關核准辦理保稅物品廠外加工、測試、檢驗、核樣 、修理、維護或展列等業務。
第五十三條 保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下原料保稅進口；情節重大者，並得廢止其保稅工廠登記：
一、不依第十一條、第十二條及第二十四條規定設立帳冊或未於使用前報請海關驗印或核可或帳冊、表報填載不實，足以影響保稅物品年度結算之數量或補稅金額。
二、保稅帳冊、表報及憑證，不依第十三條規定保管或有毀損缺頁等情事。
三、喪失第四條規定之保稅工廠登記條件。
四、事實上已停業（工）。
五、財務狀況不良，已有不能清償債務之事實。
六、未依第四條第四項規定辦理。
第五十四條 保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰 ；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下原料保稅進口：
一、物品出廠時未依第十七條第二項規定填具出廠放行單。
二、出口保稅物品，於出廠後未依第三十四條規定運抵出口地海關或數量短少。
三、進口保稅物品於進口地提領出倉後未依第二十八條規定運抵保稅工廠。
四、保稅物品無故短少，其短少數量逾帳載結存數量百分之三。
五、依第四十一條規定辦理按月彙報補稅或記帳之案件，其累計應納稅費或應辦記帳稅費超過所提供之擔保。
六、經海關核准且訂有運回期限之保稅物品，逾期未運回。
第六條 申請登記為保稅工廠者，應檢具下列文件，向工廠所在地海關辦理：
一、 申請書：應載明公司名稱、統一編號、工廠登記編號、公司地址 、 資本額、負責人姓名、身分證統一編號、電話號碼及工廠地址。
二、特許營業證及其影本各一份；非特許事業者，免送特許營業證。
三、公司章程及董監事名冊一份。
四、產品清表一份。
五、 工廠、倉庫、笨重原料等儲存處所及生產機器配置平面圖各一份。
六、保稅工廠印鑑登記卡。
七、 產品生產程序說明書及其各步驟使用原料名稱、數量暨工廠原物料管理制度有關資料各一份。
八、最近三年（成立一年以上未滿三年者，以其存續期為準）經稅捐稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書或經會計師簽證之營利事業所得稅結算申報書之影本一份。成立未滿一年者，應檢送經會計師簽證之財務報表一份。
九、保稅工廠之廠房使用執照、建物所有權狀與土地所有權狀及其影本各一份；如係租賃者，應另檢附租賃契約與其影本各一份及廠房所有權人承諾書，載明同意該保稅工廠經廢止其登記時，其保稅物品可無條件繼續存放在廠房倉庫至少六個月 ，以供監管海關處理保稅物品。
新設工廠申請登記為保稅工廠，應檢送主管機關准許設廠文件，向海關申請辦理勘查，如有先行進口自用機器、設備之需要者，得向海關申請臨時監管編號，並繳納進口稅款保證金，辦理通關手續，俟取得工廠登記編號並經監管海關審查符合者，始准予洽期接管。
經主管機關核准登記之工廠申請登記為保稅工廠，如有先行進口自用機器、設備之需要者，得向海關申請臨時監管編號，並繳納進口稅款保證金，辦理通關手續，經監管海關審查符合者，始准予洽期接管。
申請廠商設有二個以上之工廠者，得分別就其中一個或二個以上之工廠申請設立保稅工廠。但各工廠間有相互提撥原料、半成品、成品之關係或產製外銷成品具有連貫性之製造程序者，不得僅就其中部分程序工廠申請登記為保稅工廠。
第十條 保稅工廠應於海關接管或製造新產品之翌日起一個月內且產品未出口前，造具產品單位用料清表一式二份，列明產品之代號 、名稱、規格、數量及所需各種原料之料號、名稱、規格或型號、應用數量（實用數量加損耗數量）或實用數量、單位等項，連同製造程序說明書送監管海關備查，必要時予以查核。未送監管海關備查，而產品已先行出口者，不予除帳。但出口者如為樣品或特殊原因已於出口前檢附相關證件，向監管海關申請報備，得於出口之翌日起一個月內送監管海關備查，逾期不予除帳。
保稅工廠產品核銷保稅原料，按產品單位用料清表審定之應用數量或實用數量除帳，其以應用數量除帳者，生產過程中所產生之下腳、廢料不得另為報廢除帳。
海關應於收到第一項規定之產品單位用料清表備查後將其中一份發還保稅工廠作為核銷保稅原料之依據。
保稅工廠原送之產品單位用料清表如有變動，應於變動後另造新表，列明原向海關備查或核准文號送監管海關備查，其造送及審定期限比照第一項規定辦理。
保稅工廠所使用之原料，其價格、性質及功能相近而可相互替代流用者，應於產品單位用料清表列明，送監管海關備查。
前項原料如為經濟部國際貿易局專案核准輸入之大陸地區物品或經財政部公告應課徵平衡稅或反傾銷稅之物品，應編列不同料號，且不得替代流用。
產品單位用料清表之適用期限，自送監管海關備查或核准之翌日起三年，期限屆滿前應由保稅工廠重新造送監管海關備查。
第一項之產品單位用料清表及第四項之變更產品單位用料清表，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。但保稅工廠所使用之原料，經財政部公告應課徵平衡稅或反傾銷稅者，其產品單位用料清表之電子資料應傳輸關港貿單一窗口供海關審核。
第十一條 保稅工廠應以廠為單位，分別設立原料帳冊、成品帳冊及自用機器、設備帳冊，詳細記錄進出數量、結存數量等動態資料 。如海關認為必要者，並應設立半成品及在製品之動態紀錄，以供監管海關隨時查核。
前項之帳冊、保稅工廠廠外加工紀錄卡及出廠放行單，以電腦處理者，應將有關資料依第十八條規定之期限輸入建檔，以備海關隨時查核，並按月印製替代原料帳冊、成品帳冊及自用機器、設備帳冊、廠外加工紀錄卡及出廠放行單使用明細之表報，次月二十日前印妥備查。
前項之帳冊及使用明細之表報，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。
保稅工廠廠外加工紀錄卡及出廠放行單，以人工登帳方式處理者，使用前均應報請海關驗印。
保稅工廠進口或國內採購供加工外銷用之非保稅原料，如係可與其他保稅原料相互替代流用者，應一併登列於原料帳，納入管理範圍。
前條第六項之原料及其產製品，應分別設置獨立原料及成品帳冊，以備監管海關查核。
第六條第四項但書之各保稅工廠間，得經轄區監管海關核准實施提撥作業，並應以廠為單位，依提撥物品性質分別設立原料、半成品、成品提撥帳冊及提撥總帳，詳細記錄提撥物品之撥出、撥入及提撥結存數量，以備海關查核，年度結算時各保稅工廠應合併辦理結算。但依第十二條規定於原料、成品帳已增設提撥專屬欄位供登載者，得免設立原料、成品提撥帳冊。
前項提撥帳冊準用第二項及第三項規定。
第十九條 保稅工廠因廠內倉庫不敷存儲，必須租用廠外倉庫時，應符合下列各款條件，並報請監管海關核准後，方可使用：
一、須為堅固之建築，且具有防盜、防火、防水、通風照明及其他確保存貨安全之設施。
二、取具主管機關核發之倉庫或廠房使用執照、建物所有權狀與土地所有權狀及其影本各一份；如係租賃者，應另檢附租賃契約及其影本各一份與建築物所有權人承諾書，載明同意該保稅工廠經廢止其登記時，其保稅物品可無條件繼續存放在廠外倉庫至少六個月，以供監管海關處理保稅物品。
第二十六條 保稅工廠經廢止登記後，其保稅物品依下列規定辦理：
一、所有保稅物品，應由海關封存或與保稅工廠聯鎖於該工廠之倉庫內，海關應不定期派員巡查，必要時得予保管。
二、經廢止其登記之保稅工廠應向監管海關洽訂或由監管海關逕予訂定盤存日期，依照第二十條有關規定辦理盤存（簡稱結束盤存），如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依第二十一條第一項規定辦理。
三、經盤存之保稅物品，除依第四款規定辦理者外，監管海關應即按結存數量發單課徵各項稅捐（成品及半成品概按其所使用保稅原料之形態核課稅捐）。
四、在海關未發單徵稅前，如因生產或外銷之需要或售與科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠者，保稅工廠得提供相當稅款金額之擔保，報經監管海關核准後提領使用保稅物品。但應於核准之翌日起一年內檢附出口證明文件向監管海關辦理銷案，屆期未銷案者，由海關就擔保償還應納稅捐。
未能依前項規定辦理結束盤存者，海關得逕依帳面結存數量課徵各項稅捐。
第三十三條 保稅工廠之保稅物品售與或輸往科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠，應於出廠時由雙方聯名繕具報單檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
前項貨品發生退貨或運回時，應由雙方聯名繕具報單，檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
前二項交易除自用機器、設備外，準用第三十一條第一項第二款規定。
第四十六條 保稅工廠進口保稅之原料或加工品，得申請監管海關核准後運出廠外加工，並以加工至半成品且該加工品以仍能辨別其所加工之原料者為限。但保稅工廠所生產之保稅產品已超過工廠產能，且其事先已具結負責以自己名義將運出廠外加工之保稅產品逕行出口或售與其他保稅工廠、科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業或自由港區事業再加工出口者，得申請監管海關專案核准其運出廠外加工至成品。
前項廠外加工，應由保稅工廠先繕具出廠加工申請書，載明加工廠商名稱、地址、公司統一編號及工廠登記編號（其為自然人者，姓名、地址及身分證統一編號）、使用原料及加工品名稱、數量以及加工期限等，並檢附廠外加工品用料清表及合約向監管海關申請核准後，填具已經海關驗印之廠外加工紀錄卡一次辦理出廠，或在所核准之種類、數量及加工期限範圍內，逐批填具廠外加工紀錄卡，分批出廠。
保稅工廠自國外進口或自其他保稅工廠、科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業購買之保稅原料，得申請監管海關核准，直接運至加工場所，進行廠外加工，其加工並以加工至半成品且須運回保稅工廠為限。
廠外加工由加工廠所添加之原料，不得申請退稅。但加工廠為保稅工廠者，得申請除帳。
運出廠外加工保稅之原料或加工品，如發生損耗致與運出數量不符時，應由海關查明原因，依照本辦法及其他有關法令規定處理。其加工過程較為複雜者，保稅工廠或加工廠商應事先提供資料，以供查核。
廠外加工之期限，以經監管海關核准廠外加工之翌日起六個月為限。但有特殊情形者，得於期限屆滿前，申請海關核准延長，其延長期限不得超過三個月，並以一次為限。不依規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
第四十七條 保稅工廠保稅物品出廠測試、檢驗、核樣或修理，應填具申請書經監管海關核准後提領出廠。
前項保稅物品出廠，監管海關得視物品數量及性質核定作業期間，其需展期者，應於屆滿前，以書面說明原因，向海關申請。但出廠期間合計不得超過六個月。
第一項保稅物品進出廠時，應登載於經海關驗印之保稅工廠送外測試、檢驗、核樣或修理保稅物品進出廠登記簿。不依第二項規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
保稅工廠進口或自科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠購買之保稅原料，得經監管海關核准直接運至檢驗測試廠所從事廠外檢測。
保稅工廠得申請監管海關核准事先具結負責以自己名義將運出廠外檢測之保稅產品逕行出口或售與科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠。
第五十一條之一 保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者 ，得停止六個月以下之按月彙報，並得停止其一個月以下原料保稅進口：
一、保稅工廠之保稅物品售與或輸往科學園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠按月彙報案件，未依第三十三條第三項準用第三十一條第一項第二款規定期限繕具報單並檢附相關文件辦理通關手續者。
二、保稅工廠之保稅物品進儲物流中心、自用保稅倉庫按月彙報案件，未依第三十三條之一第二項規定期限繕具報單並檢附相關文件辦理通關手續者。
第五十二條 保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定，得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其一個月以下原料保稅進口：
一、未依第四條第一項第三款規定，於廠區設有警衛室，並派員駐守，或物品出廠時未依第十七條第三項規定填具出廠放行單編列序號，或雖經編號，但無故缺號或遺失 。
二、廠房設施違反第五條規定，或未依第十四條規定對原料及成品倉庫派員負責看管，或停工時未加鎖或連續停工十日以上未向海關申報。
三、未依第七條第二項或第三項規定辦理換照、印鑑變更登記 。
四、未依第十條規定期限將產品單位用料清表送監管海關備查，或違反第三十四條或第四十二條規定擅自放行出廠或出口。
五、未依第十條第六項規定編列不同料號或違反該項規定替代流用。
六、保稅原料及成品未依第十四條至第十六條規定入出庫，或未分類別，按序存放或未編號置卡。
七、保稅物品進出廠（倉），未依規定填載有關單證、紀錄卡 、登記簿，或未於第十八條規定期限內登載有關帳冊。
八、對於應編製之報表資料等，未依第二十條第四項期限編製報送，或對於監管海關因監管或稽核所需之各種表報資料或通知應辦理或改進之事項，未依限辦理。
九、違反第二十二條規定，保稅工廠保稅業務人員人數不足或資格不符。
十、違反第二十三條規定未經監管海關核准辦理受託加工業務。
十一、違反第二十四條規定未經監管海關核准辦理檢驗、測試 、修理、維護業務。
十二、違反第二十七條之一規定未經監管海關核准辦理生產非保稅產品業務。
十三、違反第四十條規定未經監管海關核准辦理進口原料內銷。
十四、違反第四十六條至第四十八條及第五十條規定未經監管海關核准辦理保稅物品廠外加工、測試、檢驗、核樣 、修理、維護或展列等業務。
第五十三條 保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下原料保稅進口；情節重大者，並得廢止其保稅工廠登記：
一、不依第十一條、第十二條及第二十四條規定設立帳冊或未於使用前報請海關驗印或核可或帳冊、表報填載不實，足以影響保稅物品年度結算之數量或補稅金額。
二、保稅帳冊、表報及憑證，不依第十三條規定保管或有毀損缺頁等情事。
三、喪失第四條規定之保稅工廠登記條件。
四、事實上已停業（工）。
五、財務狀況不良，已有不能清償債務之事實。
六、未依第四條第四項規定辦理。
第五十四條 保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰 ；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下原料保稅進口：
一、物品出廠時未依第十七條第二項規定填具出廠放行單。
二、出口保稅物品，於出廠後未依第三十四條規定運抵出口地海關或數量短少。
三、進口保稅物品於進口地提領出倉後未依第二十八條規定運抵保稅工廠。
四、保稅物品無故短少，其短少數量逾帳載結存數量百分之三。
五、依第四十一條規定辦理按月彙報補稅或記帳之案件，其累計應納稅費或應辦記帳稅費超過所提供之擔保。
六、經海關核准且訂有運回期限之保稅物品，逾期未運回。
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